Em 2008 o PPGEM passou por uma profunda reestruturação conduzindo à extinção de uma das três áreas de concentração do programa, a área de concentração em Economia Mineral. Desde então o PPGEM contempla duas áreas de concentração relacionadas com os temas de exploração, explotação e beneficiamento de minérios: Lavra de Minas e Tratamento de Minérios.